首先，我们要知道，边境牧羊犬和婴儿一样，在幼儿期是很多的便便。他们也不会憋，所以才会把家里弄得……
一般边境牧羊犬吃饭后30分钟，或喝水后15分钟左右就会排泄。大家可以在这时候特别注意点。如果发现边境牧羊犬在地上到处闻，就请高度警惕，他在找地盘上厕所了。
边境牧羊犬早上睡醒后，一般都会排泄一次(包括尿尿和便便)，所以你可以见边境牧羊犬醒后，就把他抱到你希望他上厕所的地方，让他在那里先待一会儿，而且同时还要用特别语调对边境牧羊犬说“快点”等等的口令。
(一定要坚持做，甚至到他长大了都要常常用这个口令，边境牧羊犬真的是会听懂的。他们慢慢就会知道，你的这个口令是在催他上厕所)
边境牧羊犬排泄次数很多很多，所有大部分人都喜欢让他们先在纸尿垫或报纸上上厕所。有些边境牧羊犬会用纸尿垫，但有些就非常讨厌这个东东。朋友家的边境牧羊犬就会把纸尿垫撕得粉碎。所有我最后选用了报纸。
开始时，边境牧羊犬不知道报纸是让他排泄用的，所以就用报纸吸上它的尿，然后把吸了尿的这张放在很多张报纸(大约7，8张)的最上边，先不要丢掉，等下次看到边境牧羊犬在到处闻时，及时抱起他，把他放在报纸上，他会闻已经干了的那张报纸，你要在旁边守着，如果他跑出去，就再把他抓回来放在报纸上。
之后你要做的就是，凡但看到边境牧羊犬要上厕所(到处闻)或正在上厕所(在不正确的地方)，你都要马上一把抱起他，把他放在报纸上。每天都留一张有他排泄物的报纸放在铺好的报纸上，一般几天后，边境牧羊犬就知道要到报纸上解决了。等他熟悉后，恭喜你，第一步就成功了。你可以每天就放干净的报纸了，因为边境牧羊犬知道闻报纸的味道来上厕所了。
下一步比较简单，你要慢慢缩小报纸的大小(可由两张报纸大小，变成一个报纸大小，再变成半张报纸大小。并且可以慢慢变动报纸的地方，把报纸慢慢向门口或厕所移动，等边境牧羊犬习惯在门口或厕所的报纸上上厕所后，你就可以把报纸拿走了，边境牧羊犬要上厕所时就会到门口或厕所找报纸。
当然你看到边境牧羊犬要上厕所的举动后，也可以立刻代他到外边去上厕所。然后你可以先在一天中选出5个基本固定的时间，带边境牧羊犬出去。(最好选边境牧羊犬吃过饭20到 30分钟后的时间)，如果在5个时间以外边境牧羊犬有想上厕所的举动，你也要带他出去。这些将是额外的，不在5次之内。等时间久了边境牧羊犬就会知道那5次是让他上厕所的了。在外边要一直用你给他的上厕所口令，直到他完成任务为止。完成后，你最好要摸摸它，并给你语言上的鼓励和夸奖让他们知道他们做对了。由于边境牧羊犬是有生物钟的，所以最好5个时间比较固定。这样边境牧羊犬才会意识到到外边要先上厕所。
等边境牧羊犬可以完全利用这5次完成排泄任务，而且不在家里上厕所后，你可以坚持这样做一阵子，然后可以慢慢把时间从5次变为3次。(一般是，如果边境牧羊犬还小，你每天要喂他4次的话就带他出去5次，早上起床后去一次，每餐半小时后再带他出去，共5次。等边境牧羊犬适应了到外边上厕所，并随年龄的增长，你喂他的次数变成每天3次了，就可以把出去的次数便为3次了，可以是早上起床一次，中餐后半小时一次，然后就是睡觉前一次。
之后你的边境牧羊犬可能就可以定时到外边上厕所了!要提醒的是，训练初期，把边境牧羊犬带出去，只给边境牧羊犬最多5分钟的时间上厕所，如果5分钟没有行动，就把他带回家，立即关到笼子里，让边境牧羊犬知道如果在外边不上厕所他就没有机会了，直到下次你带他出去才有机会。
其中还有些地方大家要注意。在边境牧羊犬完完全全可以在家里憋着直到你带他外出才便便之前，请把边境牧羊犬放到笼子里。但绝不是说让你把边境牧羊犬24小时关起来。边境牧羊犬一般不在自己睡觉的地方上厕所，所以笼子里的空间只留出一个边境牧羊犬刚好可以转个身睡觉的大小。如果笼子太大，边境牧羊犬就会在笼子里的任何地方除了他躺的地方上厕所，养成习惯就麻烦了。建议可以买个边境牧羊犬成年后可以用的笼子，在边境牧羊犬小时候，把笼子里塞纸盒等等，只留出个边境牧羊犬睡觉的地方即可，然后随边境牧羊犬成长，逐渐把纸盒拿出。这样就不用随边境牧羊犬成长给边境牧羊犬买很多个狗笼了。边境牧羊犬吃过饭后要把边境牧羊犬关到笼子里去，这样一来可以防止边境牧羊犬随地大小便，二来边境牧羊犬吃完饭不易剧烈活动，对他们肠胃不好。等饭后半小时后，把它抱出来上厕所。上玩厕所后可以放他出来玩一会。然后再放到笼子里直到下次带他上厕所。(这种方法适用于报纸期及在外边上厕所期的训练)。间中如果想把它放出来和他玩，要注意看他有没有想上厕所的举动，如果有立即把它带到上厕所的地方。
一般来讲，边境牧羊犬做手术后(也就是成熟后)，会比较会忍着(憋着)。边境牧羊犬的忍耐力都不是很强，所有要用笼子来约束。而且要常带他们出去。
训练边境牧羊犬上厕所需要的循序渐进，不要操之过急，边境牧羊犬不象猫咪那样天性的干净，未满月的猫咪也知道到固定的地方上厕所。
