比较普通的解释就是“联绵词”，也就是从上古时期就形成的两个字来表示一个义项的用法。
上古汉语大多数情况下一个字就是一个词，但也有一些情况下需要用两个字来表示一个词，而这两个字经常是双声（即声母相同）或叠韵（即韵母相同）的。动物名称中这样的情况不少，如：
蜘蛛 鸳鸯 蟾蜍 蜥蜴 蜻蜓 螟蛉
至于为什么是两个字，原因可能有很多，比如上古的复辅音字分裂成了两个字，或者由于某些原因动物的名字更存古，保留下来了上古更早期的读音。而再往前找解释，可能就是语音的随意性了。
当然，如果真要往词义上猜测，个人还是有一个解释的，是否属于胡诌，就请大家评判了：
蜘蛛，去掉虫字旁是“知朱”。“知”字在古代是“智力”的“智”字的本字，“知”读作“智”在四书五经中仍然常见。为什么蜘蛛与“智力”“智慧”有关呢？应该是蜘蛛有能力编织复杂而漂亮的网，形状如同八卦阵，让古人觉得其智力超群。（另一种可能是蜘蛛的感觉特别灵敏，每当虫子接触到蛛网，它都能“感知”到虫子的震动。此外需要注意，“知”与“织”古音差得较远，因此应该无关。）
而“朱”字作“红色”则难以解释。我的办法是考虑其他以“朱”作声旁，而且出现时间比较早的形声字，计有：珠株铢诛侏殊等。
个人认为“蜘蛛”的“蛛”其实是“虫”+“珠”。为什么？因为蜘蛛最引人注目的就是大肚子，看上去像一个珠子。不要觉得我是信口开河，先看个图片：
是不是觉得除了腿，就一个圆圆的大肚子了？（捕鸟蛛一类的大型蜘蛛，头胸部和腿比较粗壮，相对地显着肚子小些，但是古人是见不到这些种类的蜘蛛的。）
再看康熙字典里“珠”字下的解释，古人也有这种看法：
《通雅》古有辟塵珠，辟寒珠，夜光照乗，大者徑寸，或出於龍魚異物腹中，非獨出於蚌也。陸佃云：龍珠在頷，蛇珠在口，魚珠在眼，鮫珠在皮，鳖珠在足，蛛珠在腹，皆不及蚌珠。当然，有些蜘蛛好像有抱着自己的卵袋的习惯，所以所谓的“蛛珠”到底是蜘蛛的肚子，还是它的卵袋，我也不清楚，不过知乎上有大神
专业研究蜘蛛的。这里多说一段，我个人部分相信“右文说”，即上古时期共用声旁的一批形声字，除了发音类似以外，含义也有相通的可能。下面先列出从“朱”各字的本义，以《说文》的解释为主。
朱：某种心材为红色的松柏类树木。引申为红色。
株：树木根部（地面以上的部分）
诛：杀。（《释名》：如株木根，枝叶尽落）
侏：短小。
殊：死，身首分离，引申为截然不同。（“歹”字在甲骨文中为残骨形，所以带歹字旁的大多有死亡、杀害、残损义，如残、歼、殊、死、殁、殉、殇等）
珠：《说文》释为珍珠，但古时各种圆形漂亮的小球应该都可称为珠。
铢：古代重量单位，大约合不到1克。（汉有五铢钱）
姝：美女。
如果要找联系的话，前面几个字联系更紧密：
朱（红心松柏）->株（树根）->诛（杀）->殊（死）（参考英语trunk“树干”/truncate“截短”）
朱（红心松柏）->株（树根）->侏（短小）
而“朱”与“珠”的联系就并不那么明显，除非我们假设上古时期最常见的珠子都是红色的。这个假设确实有可能成立，因为许多新石器时代到春秋战国时期的玉串饰，上面红色玛瑙珠占大部分。
西周时期玛瑙玉管组合胸佩然后，珠->铢，铢这个重量单位基本与一颗珠子的重量差不多，二者应该有直接联系。
“姝”字作为美女，其意义可能与“朱”的“红色”义有联系，也可能与“珠宝”有联系，无法完全确定。
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