交配时，雄蛇只用两个半阴茎中的一个蛇交配。雄蛇把其中一个半阴茎，由内向外，经过泄殖腔孔旁侧翻出，精子沿着半阴茎表面的浅沟，注入雌蛇的泄殖腔里。有些种类的蛇，精子在雌蛇体内的存活期长达3～4年，仍有受精能力。交配时，公蛇母蛇交缠在一起，状似麻花卷，不知情的人还以为他们在打架。
雌蛇的交接器就是它的泄殖肛腔，没有什么特殊的构造，而雄蛇的交接器则是一对袋状的半阴茎，位于尾基内部，袋的内壁上长了许多小棘，棘的大小、形状及数量因蛇的种别而有所不同，半阴茎的样子，也有种的差异。交配时，袋的内面翻出体外，粗看起来像一朵盛开的花。
半阴茎插入雌蛇的泄殖肛腔，进行体内受精，但每次交配只使用一侧的半阴茎。在繁殖季节内，一条雄蛇可先后和几条雌蛇交配，但雌蛇只交配一次。所以，养蛇场里常常让一条雄蛇配上几条雌蛇，进行繁殖，例如养殖银环蛇的蛇园，每十条雌蛇配两三条雄蛇就够了、交配后，精子在雌蛇的输卵管内能够长期生存。
例如，在杭州浙江医科大学蛇园，有一对蝮蛇只交配一次，分开后，雌蛇连续生了3年小蛇，第一年产仔7条，第二年产仔10条，第三年产仔14条。有的蛇，交配一次，精子可在雌体内生存5年之久。蝮蛇是卵胎生的蛇，但大多数的蛇是卵生的。蛇一般都是一年生一窝。
