鳄鱼龟常见的疾病有外伤炎症、消化不良、感冒、烂板壳病、水霉病等等。而总结原因，这些疾病都是由于环境或者饲养管理不当造成的。要避免这些疾病的最好方法，就是加强对鳄鱼龟管理，做好疾病的预防工作，防止鳄鱼龟生病。
水霉病是一种水中真菌引发的疾病，也叫水肤霉病。常发生在冬季不见阳光或水质不良的时候，导致水质环境真菌寄生，而是鳄鱼龟生病。患病的鳄鱼龟在脖子四周和四肢甚至是甲壳上都可以见到白色丝状的粘物在水中漂动。水霉病对成年鳄鱼龟危害不大，但是可能是小龟死亡。如果发现鳄鱼龟患有水霉病，首先应该用万分之一孔雀石绿溶液浸洗病龟15m分钟左右，同时也可以使用食盐水浸泡病龟，杀菌消毒。
感冒多发生在初春或初冬气候多变的时候。此外，饲养管理不当，或者是温窒内因通风不良而又突然降温时容易使鳄鱼龟感冒。感冒的鳄鱼龟呼吸时会发出声音，鼻孔堵塞，偶尔还会有流眼泪或结痂现象。治疗鳄鱼龟的感冒症，可以在饲料中加入病毒灵，按照每500克龟每天喂半片量来喂食。
如果长期给鳄鱼龟喂食大量的饲料或者是难以消化吸收的饲料，就会导致龟消化不良。要改善鳄鱼龟的消化不良，可以投喂一些鳞、香、软味饲料引导食欲。给龟服用多酶片溶液，按照每500克龟1片进行喂养。
此外，由于饲养池粗糙而擦伤皮肤，或在运输中互相抓伤而引起细菌感染发炎。此时可以使用双氧水对伤口消毒，涂上红药水或紫药水，也可抹上消炎药膏进行治疗。
烂板壳病主要是病菌侵入龟壳内发生糜烂。患病的鳄鱼龟背壳或底板最初出现白色斑点，慢慢形成红色块状。当用力压时，有血水挤出。此时，饲养者可以将患处表皮挑破，挤出血水，用食盐涂抹之后用清水冲洗干净，每天1次连用15天，治疗效果非常明显。
