柯基犬有白色、金黄色、褐色和黑色等几种，不应该有其他颜色的毛，否则就不是纯种。它背部的颜色都只有可能是一种，如果是花色，即使看起来再好看，也是属于不符合规格的柯基犬。柯基毛色的标准是因为宠物狗比赛而建立的标准，被威尔士柯基协会认可的只有双色柯基，和三色柯基。
值得注意的是，柯基身上的黄色部分在小时候都是偏灰的，越长大会变越黄。柯基毛色变化是从出生开始到成年之间的变化。刚出生时毛色很淡，大部分器官都是粉红色。三周的时候柯基宝宝的鼻线会比刚出生的时候略细一些，但不明显。三到四周内的这样一个星期，长的非常快，毛色稍微变深，全身的毛发也逐渐长齐。两个月的时候，每一只柯基宝宝的颜色基本上定型了，鼻线宽窄也基本定型，不会有天大变化。三个月的时候进入尴尬期，胎毛变稀疏，颜色也会变淡。四个月正式开始换毛期，毛色开始变黄，颜色加深。五个月的时候基本上毛色完全变黄，颜色就基本定型了。七到十个月的时候第二次换毛，嘴边的黑毛就完全退掉了，毛色就不在会有改变。
