纯正的萨摩耶犬只有一种颜色，那就是纯白色，真正纯正的萨摩耶犬是不应该有其他颜色的，也没有其他颜色的杂毛，它的每一根毛都应该是白色的，部分带有很浅的浅棕色、奶酪色、浅棕色。此外其他颜色都属于失格。黑色萨摩耶犬极为罕见。
一般来说，黄色的萨摩耶是因为小时候的卫生问题以及胎里的羊水泡过的原因引起的，小萨摩耶犬有不少在小时候都是看起来毛黄黄的，但是长大了就好了。
萨摩耶拥有双层被毛，身体上覆盖一层短、浓密、柔软、絮状、紧贴皮肤的底毛，披毛是透过底毛的较粗较长的毛发，披毛直立在身体表面，决不能卷曲。披毛围绕颈部和肩部形成“围脖”。毛发的质量关系到能否抵御各种气候，所以质量比数量要重要。下垂的被毛是不受欢迎的。
