由于犬窝咳是由细菌，病毒感染引起的，因此治疗时一方面要治疗咳嗽等病症，另一方面是要杀灭病原体。在犬窝咳初期，可以给小爱尔兰峡谷梗喝一些抗病毒口服液，如︰双黄连口服液，蛇胆川贝液等，配合打针地塞米松。
同时需要注意给爱尔兰峡谷梗做好保暖措施，同时必须给房间消毒。
如果是犬窝咳后期治疗则是∶抗病毒，止咳，化痰，防止并发症，增强爱尔兰峡谷梗抵抗力。常规的治疗方法为︰
抗病毒∶病毒唑、鱼腥草、穿琥宁、胸腺肽、转移因子等等。
止咳、化痰∶用药物溴已新、糜蛋白酶、氨茶碱、进行超声雾化吸入。
防感染∶丁氨卡那霉素、头饱曲松、红霉素、黄芪多糖等等。
犬窝咳虽然导致爱尔兰峡谷梗死亡的几率不高，但是最好早点带爱尔兰峡谷梗到宠物医院接受治疗，因为其很容易导致其它的疾病。
