在水草养殖中，我们会建立一个底床来促进水草的生长，底床的种类繁多，大致以石头类和土壤类为主要介质。底床如照料不周或是受到一些其他的环境因素影响，会产生腐败。
当水草缸在养殖一段时间后常会有一些鱼虾排泄物或其他微生物代谢产物累积在底床，黑土当时间一久会崩解成碎屑或杂留往往会导致底床累积杂留而渐渐硬化变成底床通透性不佳，会影响到水草根部的发展。
通常，我们认为导致底床腐败的来源是底床内富含的有机物所致，这些有机物包括我们经常会使用的基肥以及从沙面上渗入的鱼类的粪便、残留的饵料等等。
基肥，其主要成分往往是经过一定发酵的有机物，其成分并不会比我们养花经常使用的麻将渣、豆饼、动物粪便、马蹄等等差多少。少数基肥为了保证在建缸初期也能提供一定的养分，还会掺入少量的化肥，有些基肥还会掺入某些利于基肥分解的菌种。基肥中含有的主要成分无非是那么几种，氮磷钾和少量其它元素。某些宣称不含有氮磷的基肥（钾肥不可能不含有），实际上并不是真的不含有这些东西，只不过是不含有这些元素的水溶性盐而已。基肥本身所含有的物质是不能直接被水草所吸收的，它们必须要靠一些细菌的帮助，通过一些化学反应将其转化成利于水草吸收的形式。鱼类的粪便、残饵在其内涵上和基肥没有多少差异，只不过我们不是为了养草而有意添加进缸的。
含有氮磷钾的有机物，被细菌分解后，一部分会变成有机盐或者无机盐，另外还有一些会变成“气体”，这些气体可能会包括硫化氢、氨气、甲烷等等，这就是前些年国家在农村大力发展的“沼气”。沼气在有机物的分解过程中是难以避免的产物，也是造成臭味的主要原因。将有机物分解，要靠各种细菌的协作才能完成，我们所知道的，其中的主力军是一些厌氧菌和中性菌，它们是靠有机物分解时释放的化学能存活。有机物分解，产生某些令人不悦的气体，以及某些有机盐和无机盐，还有一些其它的副产品等等，这个过程就是“腐败”。
水草底床腐败是我们时常遇到的问题
那么如何防治底床腐败呢，直接粗鲁地拔起水草肯定会造成周边水质浑浊并影响到其他草的光合作用，而这些累积在底床的杂质污染物在修剪水草连根拔起时，常会随之扬起阵阵尘土，轻者拔起后植株周围的水质稍为浑浊，重则整缸水质变很浑浊，这些扬起的尘埃散落四周，若此时没有关闭过滤器则会加速落在整缸所有水草的叶片上，影响光合作用并有碍观赏。如此一来又要多费一次清洁的动作，实在令人苦恼。
对此，我们可以运用一些水族专用的换水器具，并注意水草连根技起时的配套措施，即可一次就优雅的完成这项工作，且确保整缸水留仍清澈可视。首先在换水时先关掉过滤器，再进行水草拔除动作，等同换水时顺便清理底床，一举两得。将水草连根拔起时应分阶段慢慢拔起，这样可以避免底床的污秽物四处飘散，运用清理底床专用的虹吸管在欲拔起水草根部附近不断的吸底床，将这些污物一并排出。
可不要一次就整株快速拔起，应一边拔水草然后一边在根部四周吸一下，持续这动作越多次且越慢越好，当水草根部四周的污秽物都被吸的差不多时，此时深根在底下的根部已渐渐快被拔出了，只要轻轻一抽即可以轻松将整株拔起，此时的水质仍可清澈且不会浑浊，而根部还会很干净，都不会卡住一堆底沙或污物。如此就可优雅地连根拔起水草并且轻松完成同步清理底床的工作。
其实适当的腐败也有好的一面，从生态循环上来说，腐败是自然界所必有的一种物质循环形式，不管你愿意也好不愿意也好，它是时刻存在并发生的，并且，正是由于这种自然的物质循环机制，使得我们的环境能够始终处于一个健康平衡的状态下，而不是被垃圾填满。“腐败”的另一个重要作用，也是最重要的作用，就是产生了水草所需要的可以直接被吸收的养分。我们所施加的有机肥，必须通过“腐败”这一环节，才能成为真正的“肥”，正如米面要做熟了才能成为真正的粮食一样。
所以底床腐败也不是非治不可，适当的腐败会有利于水中的生态系统的循环，当然如果产生大量的臭味，影响了欣赏，那就该好好治理了。
